工務店が図面通りの施工をしない場合はどうしたら良いですか？

躊躇せずに図面通りの施工をするように是正を求めて下さい。
設計図面は契約内容を定めるものですから、設計図面を無視した施工は契約違反となります。違法行為にもなります。
設計図面通りに施工するように建築関係の法律の定めもあります。
工務店が是正に応じない場合には、違法行為を理由として契約解除ができます。